Dla automatycznie numerowanych elementów i węzłów program na bieżąco pilnuje kolejności i numeracji. Oznacza to, że po usunięciu elementu z modelu, całość zostanie automatycznie przenumerowana tak, aby numeracja zawsze zaczynała się od 1 i pozostała ciągła (bez luk).

Zdarzają się jednak sytuacje, że konieczne jest utrzymanie wcześniejszej numeracji elementów w trakcie prac nad modelem (np. z racji wymiany danych z innymi branżami).

W takim przypadku konieczne jest zamrożenie numeracji. W AxisVM można to zrobić poprzez własne przenumerowanie elementów/węzłów. Zadana numeracja pozostaje niezmieniona, nawet podczas edycji modelu. Podczas renumerowania elementów warto dodać własny prefiks lub sufiks, aby informacja o wprowadzonych niestandardowych indeksach elementów była trwała i jednoznaczna na modelu.